정착과정

• 81년 연구요원 병역특례의 법적 근거가 마련된 후 82년도에 처음으로 총 173명이 민간기업의 연구요원 병역특례 대상자로 선발되었다.
• 한편 83년 12월 31일을 기해 법률 제3696호로 병역법이 전면개편되면서 연구요원 병역특례제도가 동법 제 44조(특례 보충역 편입) 제1항 제 5호에「병역특례심의위원회가 선정한 연구기관에 종사하고 있는 자연계 연구요원으로서 동위원회가 선발한 자」로 규정함으로서 병역법 사항으로 강화되었다.
• 이어 84년 9월 22일 동법 시행령을 제정, 제65조에 병역특례심의위원회를 규정하고 소관부서를 과기처에서 병무청으로 이관 하였으며, 제67조[별표2]로 연구기관을「의학계를 제외한 자연계 분야의 학위를 가진 연구전담요원 30인 이상을 상시 확보 한 연구기관으로 독립된 연구시설에 연구용 기자재를 갖춘 연구기관」으로 규정하였다.
• 85년 5월 7일에는 동 시행규칙이 제정되고 제39조(자연계 연구요원 등의 선발)에 연구요원 병역 특례에 관한 구비서류 등을 규정하였다.

특례요원 상한이원제 도입

• 85년까지 동 제도는 일정의 자격조건을 갖춘 연구소에서 신청한 대상자에 대하여 모두 인정하는 절대평가제도였으므로 선발에 따른 문제점이 부각되지 않았으나 점차 특례요원 신청자가 늘어나자 정부에서는 병역자원의 수급문제 및 타지원제도와의 균등 성문제들을 들어 상한인원제를 실시를 검토하였다. 이에 따라 85년도에는 동 대상 상한인원을 1,000명으로 설정하고 상한 인원의 업종별 배분을 전제하여 특례대상자 신청을 접수하였으나 업종별로 편중된 인원을 배분함에따라 기업연구소에서만 216명의 신청 미달인원이 발생하였다.
• 87년 정부는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 동제도 운영방침을 첨단기술분야 중점지원과 중소기업형 연구기관 신규배분 등으로 설정하고 특히 중소기업형 연구기관의 지원을 위해 동 기관의 경우는 전담요원 10인 이상으로 완화하였으며 당해 상한 인원 중 중소기업분 200명을 별도로 배정하였다.
• 한편 상한인원은 배정과 기업체의 수요 사이에 법적인 조정절차가 없어 업종간 기업간의 특례요원배분 과부족문제가 계속적으로 대두됨.

병역의무 특례규제에 관한 법률의 제정

• 이러한 과정을 거치면서 병역법에 의거하던 특례보충역 규정이 89년 12월 30일 병역의무의 특례 규정에 관한 법률 및 시행령 (90년 4월 30일)이 제정되면서 동법에 근거하게 되었다
• 동법에서는 특례기관의 기준을 자연계 석사학위 5인 이상(중소기업은 92년 말까지 석사 5인 이상을 확보하는 한시적 조건하에 석사 3인 이상)의 전담요원을 상시 확보한 연구기관으로 규정하였다
• 93년 그동안 한시적으로 적용되던 석사 3인 이상의 자격요건이 중소기업의 경우 석사 5인을 확보토록 적용되었으나 중소기업의 석사인력 확보 어려움 등으로 석사 3인 이상 상시확보 연구기관으로 자격요건이 완화되었다.
• 97년 석사이상 상시확보 연구전담요원의 수를 중소기업인 경우 2인 이상으로 조건을 완화했다. 98년 벤처기업으로의 전직은 의무종사기간의 제한을 두지 않았으며 2000년 교육과학기술부고시에「벤 처기업의 대표자중 동기업이 설립한 연구소의 연구 개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하여 연구소장을 겸임하는 경우」에는 연구전담요원으로 인정하게 되었다.